Στο ερώτημα της εφημερίδας «Εποχή», αν θα καταργηθούν τα δίδακτρα στα μεταπτυχιακά, ο κ. Φίλης απάντησε: «Τα μεταπτυχιακά αφορούν 60.00 φοιτητές. Πρόκειται για ένα παράλληλο πανεπιστήμιο. Η ζήτηση είναι μεγάλη, η ποιότητά τους κατά κανόνα καλή, ενώ, βεβαίως, συχνά, παρατηρούνται φαινόμενα «εμπορευματοποίησης», ιδίως σε ορισμένα «επαγγελματικά» μεταπτυχιακά. Η δημοσιονομική κρίση καθιστά δυσχερή την ικανοποίηση της αυξανόμενης ζήτησης για μεταπτυχιακά. Αν τα ελληνικά πανεπιστήμια δεν ικανοποιήσουν αυτό το αίτημα, θα αναλάβουν το έργο ξένα ΑΕΙ και μάλιστα με τη γνωστή διαδικασία της εξ αποστάσεως απονομής μεταπτυχιακών. Συνεπώς είμαστε αναγκασμένοι να συζητήσουμε την καθιέρωση προσιτού τέλους εγγραφής στα μεταπτυχιακά, ώστε τα Τμήματα να μπορούν να καλύψουν τα λειτουργικά τους έξοδα. Υπάρχουν βεβαίως και άλλες εκκρεμότητες, όπως είναι η επιπλέον χρηματοδότηση των πανεπιστημιακών για τη συμμετοχή τους στα μεταπτυχιακά, παρότι και αυτό συμπεριλαμβάνεται στα διδακτικά τους καθήκοντα. Θα μπορούσαμε να σκεφτούμε το ενδεχόμενο να προσλαμβάνονται νέοι διδακτορούχοι οι οποίοι με τη συμβολή των πανεπιστημιακών, να αναλάβουν μεγάλο μέρος των μεταπτυχιακών και να δημιουργηθούν έτσι νέες θέσεις εργασίας για νέους; Επιστήμονες που η αδιοριστία τους περιθωριοποιεί».