Σε ανακοίνωση που εξέδωσαν αναφέρουν ότι η λειτουργία του συμβουλίου κατέληξε να είναι άκρως γραφειοκρατική και χωρίς ουσία και προοπτική. Ως αιτίες αναφέρονται:

«α) Το πάγωμα επ' αόριστον και χωρίς προοπτική της έγκρισης από την Πολιτεία των προτάσεων Οργανισμού - Εσωτερικού Κανονισμού που είχαν υποβληθεί με ομόφωνες αποφάσεις από τη Σύγκλητο και το Συμβούλιο. Τα δύο αυτά θεσμικά κείμενα ήσαν η απαραίτητη κατοχύρωση για την ομαλή λειτουργία και την ουσιαστική συμβολή του Συμβουλίου στο πλαίσιο της χρηστής Πανεπιστημιακής διακυβέρνησης.

β) Το πάγωμα επ' αόριστον και χωρίς προοπτική έγκρισης της συγκρότησης του ΝΠΙΔ, το οποίο είχαμε αποφασίσει. Το ΝΠΙΔ αποτελεί ακρογωνιαίο λίθο της στρατηγικής δραστηριοποίησης του Συμβουλίου και ολόκληρου του Πανεπιστημίου για εξωστρέφεια, αξιοποίηση των πλεονεκτημάτων μας και οικονομική αυτονομία.

γ) Η πελώρια περικοπή του δημόσιου προϋπολογισμού του Πανεπιστημίου και η ουσιαστική επιβολή της κατανομής των εναπομενόντων κονδυλίων που δημιουργεί συνθήκες ασφυξίας για το Πανεπιστήμιο. Οι περικοπές μετατρέπουν την αρμοδιότητα έγκρισης του προϋπολογισμού από το Συμβούλιο σε τυπική πράξη χωρίς επιλογές ή ουσιαστική εποπτεία. Η έγκριση του προϋπολογισμού από το Συμβούλιο αποτελεί πλέον μία πρόσθετη γραφειοκρατική πράξη που δίκαια πολλοί θεωρούν ότι περιττεύει.

δ) Πέραν της περικοπής των πόρων και της αδυναμίας επεξεργασίας τρόπων νέας χρηματοδότησης, η αποψίλωση του εκπαιδευτικού προσωπικού επισσωρεύει τεράστιες δυσκολίες για την ίδια την λειτουργία του Πανεπιστημίου αλλά και την όποια δυνατότητα αναπτυξιακών επιλογών και πρωτοβουλιών.

ε) Οι συνεχείς απαξιωτικές αναφορές από επίσημα χείλη για τα Συμβούλια χωρίς προηγούμενη στοιχειώδη εμπειρική αποτίμηση του έργου τους. Οι αναφορές αυτές έχουν υποσκάψει το κύρος και τις δυνατότητες του Συμβουλίου να συμβάλει εποικοδομητικά στην ανάπτυξη του Πανεπιστημίου, έργο για το οποίο άλλωστε το Συμβούλιο είχε λάβει την ψήφο και εξουσιοδότηση της Πανεπιστημιακής κοινότητας.

στ) Η διακηρυγμένη πρόθεση της ηγεσίας του υπουργείου Παιδείας να καταργηθούν τα Συμβούλια όταν ωριμάσουν οι νομοθετικές συνθήκες, ή, στην καλύτερη περίπτωση, να μετατραπούν σε συμβουλευτικά όργανα της διοίκησης. Ούτως ή άλλως αν τα Πανεπιστήμια χρειάζονται συμβουλευτικά όργανα μπορούν να τα ιδρύσουν με δική τους πρωτοβουλία και προδιαγραφές στο πλαίσιο των αναγκών και των αυτοδιοικητικών τους αρμοδιοτήτων το καθένα.

ζ) Η διοικητική παράταση των θητειών των Συμβουλίων για ένα χρόνο, ασχέτως της νομικής της υπόστασης, επεκτείνει τεχνητά το βίο οργάνων που εν τω μεταξύ έχουν απωλέσει την ουσιαστική τους θέση και αρμοδιότητα στο Πανεπιστημιακό σύστημα διακυβέρνησης. Ουσιαστικά πρόκειται για τυπική παράταση ενός θεσμού χωρίς περιεχόμενο, η οποία αποτρέπει την κανονική διαδικασία που περιλαμβάνει προκήρυξη εκλογών για νέα Συμβούλια.

η) Η πρόνοια που ήδη έχει θεσμοθετηθεί, ότι απουσών των αποφάσεων του Συμβουλίου, οι αρμοδιότητες μεταφέρονται αυτομάτως στη Σύγκλητο, πράγμα που πιστοποιεί κατάφωρα την άποψη της Πολιτείας για την περιθωριακή, αν όχι εντελώς περιττή, πλέον λειτουργία του Συμβουλίου. Η ίδια πρόνοια αποκλείει βεβαίως το ενδεχόμενο η παύση λειτουργίας του Συμβουλίου να οδηγήσει το Πανεπιστήμιο Αιγαίου σε λειτουργικό αδιέξοδο».